Los primeros testimonios escritos hallados muestran que ya en el siglo IX la producción de txakoli en Álava era práctica común y generalizada entre los agricultores en el Valle de Ayala particularmente en Amurrio, Llodio y Ayala.
En los siglos XIII, XIV y XV la plantación de viñedo de txakoli se extendía por toda la geografía de la Comarca de Ayala al amparo de unas ordenanzas fuertemente proteccionistas, que impedían la entrada de vino de fuera hasta que no se hubiera consumido el propio.
El txakoli es un vino especial vinculado desde siempre al pueblo vasco y ligado fundamentalmente hasta ahora a la costa. Así cuenta con una gran tradición en Guipúzcoa, Bizkaia y la Comarca alavesa de Ayala.
Actualmente el viñedo de txakoli está implantado en los tres territorios históricos, aunque con escasa significación cuantitativa en relación con el vino de la Rioja Alavesa.
Según el doctor Juan Uruñuela el significado de “txakoli” tal y como lo conocemos hoy en día es “vino de caserío” o “vino que se hace en el caserío” que se deriva del euskera “etxakoa” (el hecho en casa) y su evolución a “etxakon” que viene a significar convecino de la casa, para llegar a la palabra “txakon”, y finalmente “txacolin” o “chacolin”